在捕获和自由放养的岩鬣中，寄生虫是第二大疾病。

大多数的寄生虫都是良性的，对于健康的动物并不会造成严重健康问题。然而对于体重很轻的，生病或者怀孕的，有环境压力的岩鬣来说，寄生虫也会造成严重的后果。

扁虱和螨是最常见的皮外寄生虫。

扁虱会生长身体的各个部位，但是他们更加偏好胳肢窝，腿周围的腹股沟区域，排泄口的褶皱里，偶尔也会长在脖子和脸上。如果身体检查不够彻底，扁虱是很容易被忽视的。

扁虱很少会引发岩鬣的健康问题，除非他携带了血寄生虫和病毒。一旦发现扁虱，应即刻清除。

少量的扁虱可以用镊子进行物理清除。大面积的扁虱可以局部涂抹二氯苯醚菊酯基杀螨剂例如“Provent-a-Mite”，或者全身浸泡伊佛霉素（用量：200mg/kg体重）

在捕获的岩鬣候总，螨虫是一种常见的体外寄生虫。

和扁虱一样，螨虫也喜欢生长在皮肤的褶皱中，经常在眼睛，脖子，排泄口和四肢的褶皱中被发现或红，或灰，或者黑色的斑点。

治疗方法和治疗扁虱一样——局部涂抹二氯苯醚菊酯基杀螨剂或者全身浸泡伊佛霉素。

整洁的环境与治疗并重，同时可以使用氟氯氰菊酯基喷雾（例如Tempo）。

体内寄生虫通过检验粪便进行诊断。粪便浮动检验可以鉴定线虫（蛲虫），缘虫（条虫），和一些原生动物（包括球虫）。

显微镜检测通常用于鉴定一些能动原生动物，例如纤毛虫和鞭毛虫。

能动原生动物通常都是无害的存在于大多数蜥蜴的后肠中。

粪便细胞检验可以鉴定潜在的有害变形虫。线虫中最常见的是蛲虫。通常情况下他们并不致病。

用驱肠虫治疗这些蛲虫目前还存在争议。一些寄生虫学家认为这些寄生虫在后肠能帮助鬣蜥消化。

蛲虫对于抗生素（芬苯达唑，噻嘧啶，伊佛霉素）不敏感。所以治疗蛲虫必须反复给药，这样对于岩鬣来说有害无益。

勤打扫环境，定期更换衬垫，每天清理粪便能有效避免遇到这种进退两难的情况。

原生动物包括球虫和体内变形虫，是致病（体重不增加，体重减轻，肠炎和吸收不良）的主要元凶。

新生蜥饲养密度高可能造成球虫病的爆发。良好的饲养环境是远离病魔的第一要素。

临床治疗可以使用磺胺基药物（例如磺胺地索辛）。这能减轻球虫病症，使病岩鬣恢复健康，但这并不能彻底消除感染。

帕托珠利可以彻底清除哺乳类动物体内的球虫，经初步研究，可能对蜥蜴也有效果。

良好的饲养方式可以有效保护岩蜥远离这种疾病。

症状为厌食，脱水和日渐消瘦。我们可以见到血性腹泻，但是通常在这一症状发生前，动物就已经死亡。

当蜥蜴的饲养箱在蛇和海龟附近的时候或者在两地运输过程中很容易得这种病。逐个进行验尸诊断是很困难的。可以通过检验粪便来诊断变形虫，但是很可能会有漏报的情况发生。

这种病一般可以通过尸检的组织病理学来诊断。如果确诊为阿米巴病，那么就要尽可能早的进行治疗。可以使用甲硝锉，巴龙霉素，且联合治疗效果比较理想。另外还需要消炎药来治疗并发的败血症。

当一条岩鬣已被确诊为阿米巴病，与他接触的其他岩鬣都将要被特别注意，以防感染。

隐孢子虫是十分少见的寄生虫病。有时会被在捕获和自由放养的岩鬣中发现。这种病是否会诱发蜥蜴其他疾病，还是未知。

传染病岩鬣的第三大疾病为传染病。其中大多数为细菌感染，包括脓肿，肺炎和败血症。病毒性感染则在蜥蜴身上很少见。

蜥蜴会有真菌感染，但真菌感染的病历远少于条件致病菌感染的病历。

虽然很多人认为岩鬣细菌感染的病历很高，但其实这是个误区。

如果我们能提供良好的环境和有充分营养的膳食，动物很少会感染到主要致病细菌。

然而，其他原发病例如影响肝脏，心脏，和泌尿系统的原发病，常常未被发现，这些导致岩鬣虚弱且免疫力下降。

通过临床和事后尸检评估，确诊一例细菌感染病历是需要一套全面的潜在病理评估支持的。在鬣蜥身体中，大多数的细菌性病原体是格兰阴性杆菌，例如假单胞菌和沙门氏菌，尽管许多细菌种类在患病的鬣蜥体内已经变异，例如变形杆菌，奈瑟氏菌，沙门氏菌，大肠杆菌等等。

广谱抗菌素包含对假单胞菌有效的药物，例如恩诺沙星,氨基甙类抗生素(阿米卡星或庆大霉素)，和第三代头孢（头孢他啶）。

如果确诊了假单细胞菌感染，常规情况下需要进行抗生素敏感检测以确定该病菌的抗药性。

如果确诊单细胞感染使用2-3种以上列出药物联合治疗，要比单使用一种药物的效果好。

在进行抗菌素疗法之前，先要进行培养细菌实验，广泛包含革兰氏阴性菌，阳性菌和厌氧细菌。